解決していないんだけど、linux - fatal: could not set 'core.filemode' to 'false' - Stack Overflowによると、
LinuxでSMB共有を使っているようですね。UnixシステムでGitを使うときは、chmod(2)でファイルのパーミッションを変更できるようなファイルシステムを想定しています。あなたの場合はそれができないので、Git がクローンの過程で設定ファイルに情報を与えようとしたときに失敗してしまいました。
私がお勧めするのは、SMB マウントではないファイルシステムにクローンを作成することです。Git は通常 POSIX に準拠したファイルシステムを必要としますが、あなたのシステムではそれがありません。gvfs ではなく cifs カーネルドライバーを使ってファイルシステムをマウントすると、うまくいく可能性があることに注意してください。
とのこと。